第184章
智及甲贺忍蛙以便学会牵绊现象，但小智和甲贺忍蛙凭借自己的力量变成小智版甲贺忍蛙挣脱了束缚。在局面失去控制后，认知到自己被利用的艾岚以及认为局势失控的帕琦拉均协同小智对抗弗拉达利。之后小智告诉弗拉达利，一个和平的未来应该是由人类和宝可梦共同创造的，而弗拉达利没有权利摧毁这一切。弗拉达利斥责小智幼稚，并自由落体飞离了棱镜塔。之后，小智与莎莉娜等人会合，莎莉娜告诉小智玛农的哈力君被控制并成为了基格尔德外型巨石的核心，这块巨石由弗拉达利利用超级进化的力量创造，他期望通过撞击位于百刻市的陨石来毁灭整个卡洛斯地区。但在甲贺忍蛙的帮助下，小智和艾岚成功救出了被困于巨石中的哈力栗，并和伙伴们击毁了巨石，弗拉达利也在爆炸中失踪。在再见了，小智版甲贺忍蛙！库瑟洛斯奇的回击!!中，小智又打败了库瑟洛斯奇，彻底终结了闪焰队的阴谋。最终，小软和Z2因卡洛斯地区的不稳定状态需要甲贺忍蛙的帮忙，甲贺忍蛙接受了小软的邀请，并与小智告别留下来清理事件后遗留的生态灾难。小软也和柚丽嘉道别并和她立下了再会的誓言。
密阿雷市在事件结束开始重建，希特隆也再度开始管理他的道馆。莎莉娜则为密阿雷市的市民们举办了一场特别的表演，并开始思考今后的目标。小智带领莎莉娜来到他第一天抵达卡洛斯地区时与希特隆对战的场地，并向莎莉娜发起挑战。小智告诉莎莉娜，自己在迷茫时就会进行对战，并且他会和皮卡丘一起支持莎莉娜的梦想。莎莉娜回以微笑，并在之后选择了自己前进的道路。在无尽的零！期待再会的那天!!中，一行人来到机场互相道别。小插曲后，莎莉娜启程的航班临近，她感谢小智改变了自己，莎莉娜称小智为她的目标，并且说在下次见面时会变成更加有魅力的女性。原本已经走下电扶梯的莎莉娜，突然转身跑回来，亲吻了小智，并和一行人道别。小智一度被莎莉娜亲密的举动给愣住，回过神后，小智更卖力地向莎莉娜道别。莎莉娜离去后，小智也与希特隆进行一场胜负未知的对战，并在黄昏的夕阳下搭机离去。最后小智回到了真新镇，在月光的照耀下抵达了自己的家。
由于魔墙人偶抽中了大奖，小智和妈妈便前往阿罗拉地区度假。小智将自己在卡洛斯地区收服的宝可梦交给大木博士，并从大木博士那里获得了一个蛋，大木博士吩咐小智将蛋交给自己的堂兄成也・大木进行研究。小智前往阿罗拉地区后，误打误撞地被当成宝可梦学校的学生，并认识了水莲、莉莉艾、玛奥、卡奇和马玛内。小智被阿罗拉地区的宝可梦和风土人情所吸引，决定留下来体验校园生活，他同时也获得了美乐美乐岛的守护神卡璞・鸣鸣赠与的Ｚ手环与电Ｚ。后来，小智了解到阿罗拉地区特有的诸岛巡礼，并决定参加以拿到新的Ｚ纯晶。小智通过了葱郁洞窟的考验，并获得霸主宝可梦猫鼬探长赠与的一般Ｚ，也因帮助居民赶走了作恶的阿罗拉的样子的小拉达和拉达从君莎小姐那得到了感谢状。其后小智战胜了哈拉，突破了大考验，哈拉本想赠与小智格斗Ｚ，然而卡璞・鸣鸣却把格斗Ｚ换成了电Ｚ，小智也因此再一次得到电Ｚ。小智来到马玛内的家中特训，在听取马玛内意见的特训起到效果后，授予Ｚ手环的卡璞・鸣鸣再次出现了，小智再战卡璞・鸣鸣，但未分出明确胜负。之后，在某次的机缘巧合之下，他和皮卡丘在无人岛宝物岛遇上了阿卡拉岛的守护神－卡璞・蝶蝶。小智也认识了美乐美乐岛上的火斑喵和年迈的长毛狗。由于长毛狗的