第183章
，小智依靠当初那只被真司抛弃的小火焰猴（已经成长为了烈焰猴）击败了真司的王牌电击魔兽，通过这场比赛，小智向真司证明通过耐心、关爱与友情来培育的宝可梦在实力上完全不输于真司那种严苛的方式训练出的宝可梦，而真司因此承认了小智的实力和价值观，并在这个问题上和他和解。小智挺进四强后，跟使用传说中的宝可梦的训练家达克多进行了对战，小智打败了达克多的达克莱伊并和拉帝欧斯打成平手，最终因为没有可战斗的同行宝可梦而被判负。尽管两人的实力差距巨大，但得益于小智跟他的宝可梦之间深刻的牵绊，他没有因为这次的失败而丧失斗志。铃兰大会结束后，小光打算继续以顶尖协调训练家为目标继续旅行，而小刚则决定要成为一名宝可梦医生。一行人互相道别后，小智回到了真新镇并为出发去合众地区进行准备。
小智和他的母亲以及大木博士一同旅行去合众地区，他与修帝首次对战时，由于受到捷克罗姆的影响，皮卡丘无法使出电属性招式并因此败给了新人训练家修帝的藤藤蛇，这让修帝产生了小智很弱的误会。看到了各种各样的合众地区宝可梦后，小智决定在这里开展新的旅程。跟宝可梦超世代系列开始一样，他只带著他的皮卡丘。
在旅行开始时，小智结识了一位野性少女艾莉丝，艾莉丝的目标是成为龙属性的宝可梦大师。后来，小智又与三曜市三曜道馆的馆主天桐进行了对战，而后者的目标是成为世界第一的宝可梦酒侍。在小智获得了三元徽章后，三人决定结伴同行。在合众地区的旅途中，小智除了挑战道馆外，还尝试了合众地区的特色比赛东·乔治对战、东·乔治格斗大会以及宝可梦世界锦标赛青少年杯，尽管小智没有在任何一个比赛中胜出，但是他还是衷心的为获胜的伙伴们祝贺。
另外，小智一行人还介入到了火箭队的新阴谋中，武藏、小次郎和喵喵因为被坂木所提拔，在合众地区为小智带来了新的麻烦。火箭队想利用小智在合众地区认识的新伙伴传说的宝可梦美洛耶塔来释放三云神以破坏合众地区。但在竹兰与拉里的帮助下，小智成功的阻止了火箭队的邪恶计划。小智还和一个目的神秘且行为古怪的男子Ｎ相遇，后者自称能倾听宝可梦的声音。在和N结伴同行后，小智一行人了解了等离子队老大魁奇思以及其手下阿克罗玛的计划，后者希望释放出传说中的宝可梦莱希拉姆来征服合众地区。小智一行人在帅哥、火箭队三人组、红豆杉博士的爸爸、巴贝娜与荷莲娜以及Ｎ的帮助下，阻止了魁奇思的阴谋。
在小智获得了八枚徽章后，他参加了合众联盟桧垣大会，在第一轮战胜了修帝，这也是小智第一次战胜修帝。之后，小智在第二轮战胜了他的朋友兼劲敌肯尼洋，但是他最后败给了刚认识不久的训练家虎彻而成为八强。桧垣大会结束后，小智决定和他的伙伴们乘坐邮轮穿越杰可罗拉群岛回到关都地区。在路上，小智认识了来自密阿雷市的记者三色堇，并得知了卡洛斯地区的存在。抵达了关都地区后，小智便与艾莉丝和天桐道别，后两人也出发去追寻他们的梦想。小智则在短暂休整后，便跟随三色堇搭上了前往卡洛斯地区的飞机。
小智展开了在卡洛斯地区的崭新旅程。与往常一样，他只带着他的皮卡丘旅行。在抵达卡洛斯地区！梦想与冒险的开始!!中，小智在从三色堇处得知密阿雷市中央的棱镜塔内有一座道馆后，他兴高采烈地去进行挑战，但却因为徽章不够而被道馆馆主希特洛伊特扔出了棱镜塔。在广场上的希特隆和他的妹妹柚丽嘉看到小智从空中落下，一起救下了小智。